Code
library(tidyverse)
library(sf)
library(viridisLite)
library(DT)
library(leafem)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(hrbrthemes)
library(ggplot2)
library(plotly)Costa Rica gracias a su ubicación geografica cuenta con una gran biodiversidad de especies de flora y fauna. Los mamiferos son abundantes en el pais y con los datos obtenidos de portal de datos de la Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad (GBIF). se mostrará la riqueza y distribución en las distintas regiones socioeconimicas obtenidas de Atlas digital de Costa Rica 2014.
library(tidyverse)
library(sf)
library(viridisLite)
library(DT)
library(leafem)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(hrbrthemes)
library(ggplot2)
library(plotly)# carga regiones socioeconomicas
regiones <-
st_read("regiones_socioeconomicas_simp_10m.geojson",
quiet = TRUE) |>
st_transform(4326)
# Carga de datos de mamiferos de Costa Rica
mamiferos <-
st_read(
"mamiferos.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
),
quiet = TRUE
)
# WGS84 de mamiferos
st_crs(mamiferos) <- 4326mamiferos_union_regiones <-
st_join(
x = mamiferos,
y = dplyr::select(regiones, region),
join = st_within
)riqueza_especies_mamiferos<-
mamiferos_union_regiones |>
st_drop_geometry() |>
group_by(region) |>
summarise(riqueza_especies_mamiferos = n_distinct(species, na.rm = TRUE))regiones_union_riqueza <-
left_join(
x = regiones,
y = riqueza_especies_mamiferos,
by = "region"
) |>
replace_na(list(riqueza_especies_mamiferos = 0))# Paleta de colores de riqueza de especies
colores_riqueza_especies <-
colorNumeric(
palette = "Reds",
domain = regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos,
na.color = "transparent"
)
# Paleta de colores de especies
colores_especies <- colorFactor(
palette = viridis(length(unique(mamiferos$species))),
domain = mamiferos$species
)
# Mapa leaflet
leaflet() |>
setView(
lng = -84.19452,
lat = 9.572735,
zoom = 7) |>
addTiles(group = "Mapa general (OpenStreetMap)") |>
addProviderTiles(
providers$Esri.WorldImagery,
group = "Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
) |>
addPolygons(
data = regiones_union_riqueza,
fillColor = ~ colores_riqueza_especies(regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos),
fillOpacity = 0.8,
color = "black",
stroke = TRUE,
weight = 1.0,
popup = paste(
paste("<strong>Riqueza de especies:</strong>", regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos),
sep = '<br/>'
),
group = "Riqueza de especies"
) |>
addScaleBar(
position = "bottomleft",
options = scaleBarOptions(imperial = FALSE)
) |>
addLegend(
position = "bottomleft",
pal = colores_riqueza_especies,
values = regiones_union_riqueza$riqueza_especies_mamiferos,
group = "Riqueza de especies",
title = "Riqueza de especies"
) |>
addCircleMarkers(
data = mamiferos,
stroke = F,
radius = 4,
fillColor = ~colores_especies(mamiferos$species),
fillOpacity = 1.0,
popup = paste(
paste0("<strong>Especie: </strong>", mamiferos$species),
paste0("<strong>Localidad: </strong>", mamiferos$locality),
paste0("<strong>Fecha: </strong>", mamiferos$eventDate),
paste0("<strong>Fuente: </strong>", mamiferos$institutionCode),
paste0("<a href='", mamiferos$occurrenceID, "'>Más información</a>"),
sep = '<br/>'
),
group = "Registros de presencia"
) |>
addLayersControl(
baseGroups = c(
"Mapa general (OpenStreetMap)",
"Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
),
overlayGroups = c(
"Riqueza de especies",
"Registros de presencia"
)
) |>
addResetMapButton() |>
addSearchOSM() |>
addMouseCoordinates() |>
addFullscreenControl() |>
hideGroup("Registros de presencia")